Zmiany społeczne i polityczne spowodowane reformacją doprowadziły w wielu krajach do wojen religijnych. W latach 1524-1526 doszło w Niemczech do tzw. wojen chłopskich. W latach następnych konflikty religijne w Niemczech nakładały się na konflikt pomiędzy katolickim obozem cesarskim a protestanckimi książętami.
W wyniku wojen w latach 1546-1547 wojska cesarskie pokonały zwolenników reformacji, jednak likwidacja wyznań reformowanych była niemożliwa. Wojny religijne w Niemczech zostały zakończone pokojem w Augsburgu (1555), na mocy którego wprowadzono zasadę cuius regio eius religio (czyj kraj, tego religia).
Wojny religijne we Francji trwały od 1572 do 1598 roku. Najkrwawszym epizodem tych wojen była rzeź hugenotów w dniu św. Bartłomieja (23/24 VIII 1572). Wojny zostały zakończone wydaniem przez króla Henryka IV w 1598 roku edyktu nantejskiego, na mocy którego katolicyzm został uznany we Francji za religię panującą, ale zagwarantowano także wolność wyznania dla hugenotów.
Walki religijne toczyły się również na terenie Niderlandów, które w II połowie XVI wieku dążyły do wyzwolenia spod dominacji Hiszpanii. Duża grupa mieszkańców kraju widziała w katolicyzmie religię okupantów. Sytuację ową pogłębiały prześladowania niekatolików nakazane przez władców Hiszpanii.
Noc św. Bartłomieja