U zwierząt wyróżnia się szkielet hydrauliczny i szkielet sztywny (zewnętrzny lub wewnętrzny).
Szkielet hydrauliczny tworzy płyn zamknięty w ograniczonej przestrzeni jamy ciała. Jego funkcjonowanie związane jest z pracą mięśni. Występuje np. u pierścienic i nicieni.
Szkielet sztywny bezkręgowców nie ma budowy komórkowej. Szkielet zewnętrzny tworzy u nich oskórek. Może jako osłona ciała być elastyczny, kolagenowy lub twardy: chitynowy, względnie tworzyć częściową okrywę (np. muszlę), zbudowaną ze związków organicznych i nieorganicznych, głównie fosforanu i węglanu wapnia. Szkielet wewnętrzny u bezkręgowców posiadają niektóre koralowce. Także nie ma budowy komórkowej.
Strunowce mają szkielet wewnętrzny o budowie komórkowej. Szkielet osiowy ma postać łącznotkankowej struny grzbietowej, która u niższych strunowców może występować przez całe życie albo tylko w stadium larwalnym. U kręgowców struna grzbietowa zostaje zastąpiona przez chrzęstny lub kostny szkielet osiowy. Kręgowce posiadają szkielet wewnętrzny o budowie komórkowej, zbudowany z tkanki kostnej i chrzęstnej (wyjątek stanowią krągłouste i ryby chrzęstne, mające szkielet zbudowany wyłącznie z chrząstki). Szkielet wszystkich kręgowców (wyjątek: krągłouste) ma podobny plan budowy – składa się ze szkieletu osiowego i szkieletu kończyn z obręczami.
Szkielet osiowy tworzą:
– czaszka zbudowana z mózgoczaszki i trzewioczaszki;
– kręgosłup zbudowany z kręgów amortyzowanych krążkami międzykręgowymi i podzielony na odcinki: u ryb – tułowiowy i ogonowy, u kręgowców lądowych – szyjny, piersiowy, lędźwiowy, krzyżowy, ogonowy;
– żebra różnie wykształcone.
Szkielet kończyn z obręczami składa się z:
Kończyny powstały z brzusznych fałdów skórnych przodków kręgowców, które uległy redukcji.
U ryb szkielet płetw zbudowany jest z ułożonych prętów kostnych lub chrzęstnych, w przypadku płetw parzystych połączonych z obręczami: barkową i miednicową.
U kręgowców lądowych obręcz barkowa składa się z parzystych kości: obojczyków, łopatek, kości kruczych (tych ostatnich brak u ssaków). Obręcz miedniczna zbudowana jest z podwójnych kości: biodrowych, łonowych, kulszowych. U ptaków miednica jest otwarta, u części gadów i większości ssaków zamknięta, dzięki połączeniu chrząstką kości łonowych. Nie występuje u zwierząt, u których nastąpiła redukcja kości (np. u węży, waleni). Kończyna górna i dolna mają taki sam plan budowy. Kończyna górna składa się z kości ramieniowej, kości przedramienia (promieniowej i łokciowej), kości nadgarstka, śródręcza i palców. Kończyna dolna składa się z kości udowej, kości podudzia (piszczelowej i strzałkowej), kości stepu, śródstopia i palców.