Rozprzestrzenienie się żywności transgenicznej w tak krótkim czasie, na bardzo dużym obszarze, wywołuje liczne protesty ugrupowań ekologicznych i konsumenckich. Organizacje takie jak "Greenpeace", boją się zachwiania różnorodności gatunków, wydostania się transgenicznych organizmów do środowiska, oraz nieprzewidywalnych, długofalowych skutków przyjmowania takich pokarmów.
Niedawne ataki bioterrorystyczne w USA i innych krajach są skutkami złego zastosowania inżynierii genetycznej. Użycia broni bakteriologicznej zakazano w 1925 r., a produkcji i pozyskiwania bojowych materiałów zakaźnych w 1972. Te konwencje nie są przestrzegane przez wszystkie państwa. Szczególne zagrożenie wynika, gdy korzystają z niej terroryści. Oprócz osławionego wąglika używają jeszcze gorszych chorób mogących przenieść się między ludźmi, np. dżuma, ospa prawdziwa, wirusy gorączek krwotocznych (ebola, marburg i inne).