Wyróżnia się:
– Geny sprzężone zlokalizowane w jednym chromosomie autosomalnym. Dziedziczone są razem i wykazują przy tym tendencję do rekombinacji, np. geny warunkujące kształt owoców i wysokość pędu u pomidorów, u Drosophili geny czarnej barwy ciała i normalnej wielkości skrzydeł.
– Geny sprzężone z płcią mają swoje loci w chromosomach płciowych. Sposób ich dziedziczenia zależy od tego, czy dany allel pochodzi od osobnika żeńskiego, czy od męskiego. U człowieka (i muszki owocowej) chromosom Y zawiera niewiele genów, natomiast w chromosomie X zlokalizowanych jest wiele genów o istotnym znaczeniu, np. sprzężenie barwy oczu (czerwonej lub białej) z płcią u muszki owocowej.
Ponieważ mężczyźni posiadają dwa różne chromosomy płci, ujawnia się u nich już pojedynczy allel recesywny, sprzężony z chromosomem X (wynik hemizygotyczności). Dlatego też w przypadku chorób uwarunkowanych przez geny sprzężone z płcią (np. hemofilia, daltonizm) praktycznie chorują tylko mężczyźni, a kobiety są nosicielkami.