U bakterii występują różne formy autotrofizmu i heterotrofizmu. Stąd też ze względu na sposób odżywiania wyróżnia się kilka grup bakterii.
Bakterie heterotroficzne:
– saprofity,
– pasożyty,
– symbionty.
Bakterie autotroficzne:
– chemoautotrofy – przeprowadzają chemosyntezę;
– fotoautotrofy – prowadzą fotosyntezę anoksygeniczną lub fotosyntezę oksygeniczną.