Struktura troficzna dotyczy powiązań pokarmowych w obrębie ekosystemu. Ze względu na podobną rolę w procesach energetycznych zachodzących w obrębie ekosystemu wyróżnia się dwie grupy organizmów: producentów i konsumentów, przy czym spośród konsumentów wyodrębnia się grupę destruentów.
Producenci stanowią pierwszy poziom troficzny. Są to organizmy autotroficzne, które obejmują fotoautotrofy (glony,rośliny zielone i bakterie fotosyntetyzujące) oraz chemoautotrofy (bakterie chemosyntetyzujące). Organizmy te w procesie fotosyntezy lub chemosyntezy wytwarzają ze związków nieorganicznych substancje organiczne wykorzystywane jako budulec własnego ciała lub źródło energii.
Konsumenci tworzą kolejne poziomy troficzne. Są to organizmy heterotroficzne, które pobierają gotową materię organiczną, uzyskiwaną bezpośrednio lub pośrednio od producentów. Stąd wyróżnia się konsumentów I rzędu odżywiających się roślinami oraz konsumentów kolejnych rzędów, którzy odżywiają się innymi zwierzętami.
Destruenci są wydzieloną grupą konsumentów, która w łańcuchach pokarmowych stanowi ogniwo łączące konsumentów z producentami, dzięki czemu możliwy jest obieg materii w przyrodzie. Jako organizmy saprofityczne rozkładają szczątki roślinne i zwierzęce do prostych związków nieorganicznych.
Organizmy w ekosystemie powiązane są ze sobą różnymi zależnościami pokarmowymi, które obrazują łańcuchy troficzne (pokarmowe).
Wyróżnia się dwa rodzaje łańcuchów pokarmowych:
– łańcuchy biofagów (spasania), prowadzące od roślin przez roślinożerców do drapieżników;
– łańcuchy detrytusowe, biegnące od martwej materii organicznej przez mikroorganizmy i saprofagi do drapieżników.
Zwykle łańcuchy troficzne obejmują kilka ogniw, których liczba zwiększa się w miarę powiększania się zasobności ekosystemu.
Łańcuchy pokarmowe danego ekosystemu tworzą sieć pokarmową, w której jeden gatunek może wchodzić w skład różnych łańcuchów pokarmowych. Zatem im większa różnorodność biologiczna w ekosystemie, przejawiająca się dużym zróżnicowaniem gatunkowym, tym bardziej skomplikowana jest sieć pokarmowa w tym ekosystemie. Oznacza to, że taki ekosystem jest stabilny i odporny na zakłócenia. Występuje więc w nim stan równowagi dynamicznej.