Bakterie autotroficzne przeprowadzają chemosyntezę lub fotosyntezę. Chemosynteza jest procesem bardziej pierwotnym od fotosyntezy. Polega na utlenianiu prostych związków nieorganicznych lub organicznych, a nawet pierwiastków, w celu uzyskania energii potrzebnej do asymilacji dwutlenku węgla podczas syntezy cukrów prostych. Fotosyntezę anoksygeniczną przeprowadzają bakterie zielone i purpurowe. Proces zachodzi w warunkach beztlenowych, przy udziale barwnika fotosyntetycznego zwanego bakteriochlorofilem. Barwnikiem fotosyntetycznym jest chlorofil, a wspomagany przez karotenoidy i fikobilin. warunkują życie na Ziemi poprzez wytwarzanie dużych ilości biomasy oraz utrzymywanie równowagi gazowej.