Wiązanie jonowe polega na wzajemnym elektrostatycznym oddziaływaniu przeciwnie naładowanych jonów, powstałych w wyniku przejścia jednego lub kilku elektronów z danego atomu na drugi atom bardziej elekroujemny.
Wiązanie kowalencyjne polega na uwspólnieniu pary lub par elektronów przez atomy o identycznych lub zbliżonych wartościach elektroujemności.
Wiązanie kowalencyjne spolaryzowane powstaje na skutek silniejszego przyciągania wspólnej pary lub par elektronów przez bardziej elektroujemny atom.
Wiązanie koordynacyjne to wiązanie, w którym jedna lub kilka wspólnych par elektronów pochodzi od jednego atomu, a drugi daje tylko dla tych par niewypełnione orbity.
Obok wiązań wiążących atomy w cząsteczkę, istnieją oddziaływania między atomami:
Siły van der Waalsa zachodzą między blisko położonymi grupami chemicznymi i wpływają na stabilizację cząsteczki.
Wiązania wodorowe powstają wtedy, gdy atom wodoru znajduje się między atomami o dużym powinowactwie do elektronów.
Oddziaływania hydrofobowe polegają na łączeniu się grup hydrofobowych w celu ochrony przed oddziaływaniem na nie cząsteczek wody.
Mostki disiarczkowe są przykładem wiązań kowalencyjnych między dwiema grupami –SH.