Oddziaływania antagonistyczne między populacjami są niekorzystne dla jednej lub obu populacji. Do oddziaływań takich należy drapieżnictwo, pasożytnictwo, konkurencja, allelopatia, amensalizm.
– Drapieżnictwo polega na chwytaniu i zabijaniu jednych organizmów przez drugie w celu zdobycia pokarmu. Odgrywa ono istotną rolę w biocenozie, umożliwiając selekcję osobników chorych i słabych. Dzięki drapieżnictwu rośnie też różnorodność biologiczna, gdyż drapieżcy zmniejszając zagęszczenie w populacjach ofiar, zmniejszają tym samym konkurencję wewnątrz- i zewnątrzgatunkową. Drapieżnictwo spełnia zatem ważną rolę w utrzymaniu równowagi biologicznej w biocenozie. Wzajemne relacje między ofiarą a drapieżcą powodują cykliczne zmiany w ich liczebności takie, iż liczebności te nie przekraczają maksymalnej pojemności środowiska. Oddziaływania o podobnym charakterze jak między ofiarą a drapieżnikiem występują między rośliną a roślinożercą. Jednak w tym wypadku nie zawsze następuje zniszczenie całej rośliny, a utracone organy roślina może zastąpić nowymi.
– Pasożytnictwo jest rodzajem współżycia, w którym pasożyt żyje kosztem swego żywiciela, wykorzystując go jako środowisko życia i źródło pokarmu. Wyróżnia się pasożyty zewnętrzne (np. pchła, wesz) oraz wewnętrzne (np.tasiemiec, glista ludzka, drobnoustroje chorobotwórcze). Ze względu na rodzaj żywiciela wyróżnia się pasożyty zwierzęce (np. przywry, kleszcze) oraz roślinne (np. kanianka pospolita, łuskiewnik różowy). Istnieją też półpasożyty, które są zdolne do przeprowadzania fotosyntezy, ale wodę wraz z solami mineralnymi czerpią od gospodarza (np. jemioła). Pasożytnictwo, podobnie jak drapieżnictwo pełni ważną rolę w utrzymaniu równowagi biologicznej.
– Konkurencja występuje, gdy osobniki różnych populacji mają podobne potrzeby ekologiczne, a ich nisze ekologiczne przynajmniej częściowo pokrywają się. Może dotyczyć rywalizacji o pokarm, wodę, światło, przestrzeń. Konkurencja jest niekorzystna dla obu populacji. Powoduje osłabienie konkurujących ze sobą populacji. Prowadzi do wypierania lub całkowitego wyginięcia jednej z konkurujących populacji, względnie do rozdzielenia się zasięgu populacji na dwie nisze ekologiczne, np. wypieranie szczura śniadego przez wędrownego, konkurencja między chwastami a roślinami uprawnymi lub wyodrębnienie się dwóch gatunków kormoranów: czarnego i czubatego, z których każdy wykorzystuje inne strefy wód przybrzeżnych do zdobywania pokarmu.
– Allelopatia polega na wydzielaniu do podłoża przez organizmy danej populacji substancji chemicznych, które hamują rozwój innych organizmów w otoczeniu, np. działanie antybiotyków wydzielanych przez grzyby, wydzielanie substancji hamujących przez konkurujące o wodę kaktusy.
– Amensalizm zachodzi wówczas, gdy czynności życiowe osobników jednej populacji szkodzą drugiej populacji, np. budowa żeremi przez bobry.