Protisty są autotrofami lub heterotrofami, względnie miksotrofami.
Heterotrofy prowadzą saprofityczny, drapieżny lub pasożytniczy tryb życia. Cząstki pokarmowe pobierają w zależności od ich charakteru i wielkości w wyniku endocytozy (fagocytozy albo pinocytozy) lub wchłaniają do komórki na drodze dyfuzji, względnie transportu aktywnego.
Większe cząstki są trawione przy udziale enzymów w wodniczkach trawiennych, powstających przez połączenie pęcherzyków endocytotycznych z lizosomami. Niestrawione resztki są usuwane z wodniczek na zewnątrz w wyniku egzocytozy. U protistów pokrytych pellikulą lub pancerzykiem endocytoza i egzocytoza zachodzi tylko w specjalnych miejscach.
Autotrofy odżywiają się na drodze fotosyntezy. Głównym barwnikiem fotosyntetycznym jest u nich chlorofil a. Ponadto posiadają inne odmiany chlorofilu (b, c lub d) oraz karotenoidy i fikobiliny, których obecność związana jest z określoną długością fal świetlnych, docierających na różne głębokości wód. Barwniki zlokalizowane są w chloroplastach, często o różnorodnych kształtach.
Miksotrofy – odżywiają się zarówno w sposób autotroficzny, jak i heterotroficzny.
Produktami zapasowymi u protistów jest skrobia, glikogen, tłuszcze, a także spotykane tylko u nich paramylon i laminaryna.