Protisty rozmnażają się w sposób bezpłciowy i płciowy.
Rozmnażanie bezpłciowe odbywa się wegetatywnie lub poprzez zarodniki.
Rozmnażanie wegetatywne u protistów zachodzi przez podział komórki, rozpad kolonii, fragmentację plechy. Potomne komórki lub fragmenty ciała rozwijają się w nowe osobniki.
Podział komórki – poprzeczny lub podłużny – polega na mitotycznym podziale jądra i cytoplazmy na dwa organizmy potomne. U niektórych pasożytniczych protistów zachodzi schizogonia (podział wielokrotny), charakteryzujący się tym, że najpierw zachodzą wielokrotne mitozy jądra, po których następuje podział całej komórki na wiele osobników potomnych. Kolonie mogą rozpadać się na pojedyncze komórki lub wytworzone z pojedynczych komórek kolonie potomne (np. w postaci kuli).
Wielokomórkowe protisty rozmnażają się wegetatywnie przez fragmentację plechy.
Drugi rodzaj rozmnażania bezpłciowego występujący u wielokomórkowych protistów polega na wytworzeniu w wyniku podziału mejotycznego specjalnych, pojedynczych komórek rozrodczych, zwanych zarodnikami (sporami) o haploidalnej liczbie chromosomów, z których każdy rozwija się w nowy organizm potomny. Zarodniki powstają w zarodniach (sporangiach), będących u protistów pojedynczymi komórkami. Ze względu na zdolność zarodników do poruszania się wyróżnia się: ruchliwe, posiadające wić zoospory i nieruchliwe aplanospory.
Rozmnażanie płciowe polega na wytworzeniu gamet. Powstają one u protistów w jednokomórkowych gametangiach. Gamety są haploidalne. W wyniku ich połączenia, czyli zapłodnienia, tworzy się diploidalna zygota.
Ze względu na zróżnicowanie wielkości gamet wyróżnia się trzy typy zapłodnienia: izogamię, anizogamię i oogamię.
Izogamia polega na połączeniu się opatrzonych w wici gamet, zróżnicowanych płciowo (genetycznie), ale o identycznej budowie morfologicznej.
Anizogamia zachodzi, gdy łączące się uwicione gamety są zróżnicowane zarówno genetycznie, jak i morfologicznie, na większą makrogametę i mniejszą mikrogametę.
Oogamia występuje, jeśli łączą się ze sobą gamety wyraźnie zróżnicowane morfologicznie, z których jedna, zwana komórką jajową, jest duża, nieruchliwa i zawiera dużo substancji odżywczych, natomiast druga, zwana plemnikiem, jest znacznie mniejsza i zaopatrzona w wić. W przypadku oogamii rozróżnia się gametangia żeńskie i męskie.
Izogamia i anizogamia występuje u wielu protistów i grzybów, natomiast oogamia tylko u protistów najwyżej ewolucyjnie zaawansowanych oraz u roślin i zwierząt.
W cyklu życiowym protistów (a także innych organizmów) zapłodnienie może następować bezpośrednio po mejozie lub może być odsunięte w czasie. Stąd wyróżnia się mejozę pregamiczną i postamiczną. U protistów jednokomórkowych niezapłodniona gameta lub zygota mogą na drodze mitozy rozmnażać się, wytwarzając wiele organizmów potomnych, odpowiednio haploidamych i diploidalnych. U protistów wielokomórkowych efektem podziałów mitotycznych gamety (w przypadku mejozy postgamicznej) lub zygoty (w przypadku mejozy pregamicznej) jest powstanie organizmu wielokomórkowego: haploidalnego albo diploidalnego.
Kolejne i regularne następowanie po sobie w rozwoju form haploidalnych i diploidalnych określane jest mianem przemiany pokoleń. U protistów występują dwa typy przemiany pokoleń: izomorficzna i heteromorficzna. Przemiana izomorficzna zachodzi, gdy pokolenie haploidalne jest podobne do diploidalnego. Heteromorficzna charakteryzuje się przewagą jednego z pokoleń: haploidalnego lub diploidalnego (w botanice nazywanych gametofitem albo sporofitem).