Systematyka wśród współcześnie żyjących roślin nagonasiennych wyróżnia cztery grupy: sagowce, miłorzębowe, gniotowe, iglaste. Natomiast do wymarłych nagonasiennych zalicza paprocie nasienne, kordaity i benetyty.
Paprocie nasienne występowały od dewonu do kredy, osiągając szczyt rozwoju w karbonie. Na końcach ich pierzastych liści, pokrojem przypominających liście paproci, tworzyły się zalążki.
Kordaity były to rośliny drzewiaste żyjące pod koniec ery paleozoicznej, o dużych lancetowatych liściach i jednopłciowych kwiatach. Dały początek roślinom iglastym.
Benetyty pokrojem przypominały sagowce. Miały obupłciowe kwiaty i nasiona z zarodkiem o dwóch liścieniach. Występowały w erze mezozoicznej.
Sagowce to rośliny drzewiaste o krótkim pniu z pióropuszem pierzastych liści na szczycie. Mają kwiaty jednopłciowe. Plemniki ich są uwicione, ale woda nie jest niezbędna do zapłodnienia. Wytwarzają duże, nagie nasiona. Pojawiły się w erze mezozoicznej i wtedy przeżyły swój rozkwit. Obecnie są grupą reliktową.
Miłorzębowe obejmują jeden gatunek: miłorząb dwuklapowy, będący reliktem ery mezozoicznej. Jest to dwupienne drzewo o dużym pniu i koronie oraz dwuklapowych liściach użytkowanych widlasto. Wiatropylne. Nasiona otoczone są mięsistą osnówką,
Gniotowe to rośliny krzewiaste, które jako jedyne spośród nagonasiennych mają drewno zbudowane z naczyń, kwiaty owadopylne z zaczątkami obupłciowości, gametofity o daleko posuniętej redukcji. Znanymi gatunkami jest gniot i welwiczja.
Iglaste stanowią najliczniejszą grupę nagonasiennych. Są to drzewa lub krzewy o liściach w postaci igieł lub łusek przeważnie długotrwałych (wyjątek – modrzew). Mają kwiaty rozdzielnopłciowe, skupione w szyszkach drewniejących lub mięśniejących w trakcie dojrzewania nasion.
Do roślin iglastych zaliczanych jest wiele gatunków drzew i krzewów. Poniżej podano nazwy rodzajowe niektórych gatunków: sosna (np. zwyczajna, kosodrzewina, limba, pinia), świerk, jodła, modrzew, cyprys, araukaria, sekwoja, cedr, cis, jałowiec, tuja.