Prokariotyczne komórki bakterii cechuje bardzo prosta budowa. Wielkość waha się od pół do kilkudziesięciu mikronów. Nie mają jądra, a kolisty DNA, tzw. genofor, zlokalizowany jest w nukleoidzie. Wiele bakterii oprócz chromosomowego DNA posiada też cząsteczki DNA pozachromosomowego, tzw. plazmidy, które mogą warunkować odporność bakterii na antybiotyki. Zamiast mitochondriów i chloroplastów występują u nich mezosomy i tylakoidy. Rybosomy są małe. Materiałem zapasowym jest glikogen, wolutyna lub skrobia sinicowa. Ściana komórkowa bakterii zbudowana jest z substancji zwanej mureiną (glikoproteina) i może mieć różną grubość. Jeśli jest cienka, otacza ją druga błona komórkowa, zwana błoną zewnętrzną. Tylko nieliczne bakterie nie posiadają ściany komórkowej (tzw. mykoplazmy). Natomiast archeany nie mają mureiny w ścianie. Dodatkowo komórka bakterii może być chroniona otoczką śluzową oraz być wyposażona w rzęski i fimbrie (cienkie białkowe rureczki), które osadzone są na zewnętrznych powłokach komórki.
W większości bakterie są organizmami jednokomórkowymi. Niekiedy mogą tworzyć niewielkie kolonie.
W zależności od kształtu wyróżnia się kilka form bakterii.
Formy morfologiczne bakterii (wg Lewiński i in., 2003)