Gdzie Mikołaj Kopernik zdobył wykształcenie i gdzie prowadził obserwacje ? 

Edukacja początkowa
W 1480 roku Kopernikowie przeprowadzili się z domu przy ulicy św. Anny do kamienicy przy Rynku Staromiejskim 36 (tzw. „Kamienica Pod Lwem” lub „Kamienica Lazurowa”)[4]. Pomimo że nie zachowały się żadne teksty astronoma w języku polskim, bez wątpliwości znał on ten język na równi z niemieckim i łaciną[e][10]. Najprawdopodobniej Mikołaj Kopernik ukończył pierwsze nauki w szkole parafialnej przy kościele śś. Janów w Toruniu[11]. Zdaniem niektórych historyków, takich jak Ludwik Birkenmajer, pod koniec XV wieku pobierał nauki we Włocławku[12]. Nauczycielem przyszłego astronoma, wówczas jeszcze młodzieńca, mógł być kanonik włocławski Mikołaj Wodka z Kwidzynia, doktor medycyny zajmujący się również astronomią i astrologią, jeden z domniemanych konstruktorów zegara słonecznego znajdującego się na katedrze włocławskiej[13]. Teoria ta jest jednak mało prawdopodobna, bowiem matka astronoma po śmierci męża w 1483 nie wyprowadziła się z Torunia[14]. Istnieje jeszcze hipoteza, że Mikołaj wraz z Andrzejem uczęszczali do szkoły Braci Wspólnego Życia w Chełmnie, jednak jest ona kwestionowana z uwagi na niską rangę szkoły i biedę panującą w mieście[15]. Szkoła ta uważana była za najlepszą w Prusach Królewskich[16].
Studia w Krakowie
Dzięki protekcji Łukasza Watzenrodego w roku 1491 Andrzej i Mikołaj Kopernikowie rozpoczęli studia na Akademii Krakowskiej[17] (Mikołaj podpisał się „Nicolaus Nicolai de Thuronia”, co z łaciny oznacza: „Mikołaj, syn Mikołaja, z Torunia”)[18]. Czasy jego krakowskich studiów przypadły na okres świetności tzw. krakowskiej szkoły astronomiczno-matematycznej – wykładali tam m.in.: Marcin Król z Przemyśla, Marcin Bylica z Olkusza, Maciej z Miechowa, Jan z Głogowa czy Wawrzyniec Korwin[14]. Jednym z nauczycieli astronomii Kopernika był wówczas Wojciech z Brudzewa, który nie prowadził zajęć na uczelni, ale wykładał prywatnie poza Akademią[19]. Mikołaj studiował na jednym roku z Pawłem z Krosna, Piotrem Tomickim i Bernardem Wapowskim z Radochoniec, z którym przyjaźnił się do końca życia[14]. Studia ukończył w 1495, bez uzyskania żadnego tytułu, gdyż utrudniłoby to kontynuowanie nauki we Włoszech, dokąd wyjechał z bratem dzięki wsparciu finansowemu Łukasza Watzenrodego[20].
Święcenia
Prawdopodobnie w okresie studiów w Krakowie otrzymał niższe święcenia, bowiem 26 sierpnia 1495 został kanonikiem warmińskim[21]. Wbrew powszechnej opinii nie posiadał on jednak święceń kapłańskich, a założenie takie było wynikiem pomyłki XX-wiecznego kopernikologa, Lino Sighnolfiego[22]. Odnalazł on dokument, datowany na 20 października 1497, na którym widniał napis „Nicolaus Copernig, canonicus Vuermiensis (...), presbiter constitutus”, co się tłumaczy: „Mikołaj Kopernik, kanonik warmiński (...) stawiwszy się jako ksiądz”[22]. Powtórne badanie tego dokumentu wykazały jednak, że Sighnolfi błędnie odczytał napis, który brzmiał „Nicolaus Copernig, canonicus Vuermiensis (...), personaliter constitutus”, czyli „Mikołaj Kopernik, kanonik warmiński (...) stawił się osobiście”[22]. Innym powodem, dla którego należy wątpić w wyższe święcenia, był fakt, że kapłanom nie wolno było wówczas trudnić się medycyną[23]. Zdaniem większości kopernikologów astronom nie objął od razu kanonikatu (albo objął, ale wobec oporu kapituły warmińskiej – zrezygnował) i faktycznie odzyskał tytuł dopiero 20 października 1497[24].
Studia we Włoszech
Dzięki staraniom wuja Łukasza w 1496 rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie w Bolonii, wpisując się w styczniu 1497 do albumu nacji niemieckiej bolońskiego Uniwersytetu Jurystów[25]. Uniwersyteckie nacje były luźnymi korporacjami, grupującymi studentów według bardzo ogólnych kryteriów geograficznych, a nie narodowych. Do nacji niemieckiej zaliczano wówczas m.in. Polaków, Czechów i Węgrów. Przyjaciółmi Mikołaja z tamtego okresu byli m.in.: przyszły poeta Ermico Caiado i kanonik Erhard Truchsess. Wykładowcami przyszłego astronoma z zakresu prawa byli m.in. filozof Alessandro Achillini, latynista Antonio Urceo czy kanonista Antonio Burgos, choć tematy prawnicze niezbyt interesowały Kopernika[26]. Nauczycielami, którzy wywarli na niego największy wpływ, byli: astronom Dominik Maria Novara, geograf Marek z Benewentu i malarz Francesco Francia[27]. Według Birkenmajera lektura dzieła Novary De motu octavae spherae wywarła wpływ na myśl kopernikańską[27].
20 października 1497 Kopernik pełnoprawnie objął kanonię warmińską, co zapewniło mu utrzymanie do końca życia (władzę sprawował poprzez Andrzeja Cletza i Krzysztofa Tapiaua)[27]. W 1500 odbył wraz z bratem Andrzejem Kopernikiem podróż do Rzymu, gdzie wygłosił kilka prywatnych wykładów[27]. Tam, w nocy z 5 na 6 listopada 1500, obserwował zaćmienie Księżyca[28]. W 1501 na krótko powrócił na Warmię, po czym 28 sierpnia 1501 uzyskał zgodę kapituły warmińskiej na rozpoczęcie kolejnych studiów medycznych na Uniwersytecie w Padwie, kontynuując studia prawnicze[28]. Wraz z bratem Andrzejem wkrótce udał się do Italii.
Wśród historyków istnieje spór, gdzie i kiedy Kopernik zaczął studia medyczne i czy skończył studia prawnicze jeszcze w Bolonii czy już w Padwie[29]. Dominuje pogląd, że Kopernik uzyskał w Bolonii magisterium sztuki, ale studiował tam także przez rok medycynę[29]. Po przyjeździe do Padwy wznowił studia medyczne, gdzie wykładowcami byli m.in.: Andrea Alpago, Gabriele Zerbi, Giovanni d’Aquila z Lanciano i Pietro Trapolin[29]. Wbrew treści epitafium na grobie Kopernika we Fromborku astronom nigdy nie uzyskał stopnia doktora medycyny[30]. Najprawdopodobniej uzyskał on stopień licencjata, który pozwalał mu na prowadzenie praktyki lekarskiej, co przemawia za twierdzeniem, że studiował medycynę przez rok w Bolonii i kontynuował studia w Padwie przez dwa lata[30][31]. W Padwie Kopernik studiował także filologię grecką, której uczył się od Niccolò Leonico Tomeo i pod jego wpływem zaczął tłumaczyć z greckiego na łacinę wiersze Teofilakta Symokatty[32]. Latem 1503 roku dobiegał koniec jego studiów i podjął się on obrony doktoratu z prawa kanonicznego na Uniwersytecie w Ferrarze – pomyślny egzamin doktorski odbył się 31 maja 1503[32].
Przed 10 stycznia 1503 Kopernik objął scholasterię wrocławską św. Krzyża[33].