W kwietniu 1809 roku Austria, na wieść o kłopotach Napoleona Bonapartego w Hiszpanii, rozpoczęła kolejną wojnę z Francją. Na pomoc Napoleonowi ruszyło m.in. wojsko Księstwa Warszawskiego.
Tę sytuację chcieli wykorzystać Austriacy. Przekonani, że Księstwo Warszawskie pozbawione wojska jest bezbronne, wysłali tam korpus pod dowództwem arcyksięcia Ferdynanda d’Este (32 tys. żołnierzy). Dowódca wojsk Księstwa Warszawskiego, książę Józef Poniatowski, dysponował zaledwie 16-tysięczną armią. Mimo to podjął walkę z Austriakami. Do głównej bitwy doszło 19 IV 1809 roku pod Raszynem. Bitwa była nierozstrzygnięta, ale po niej Poniatowski oddał przeciwnikowi Warszawę. Sam jednak przedostał się wraz z wojskiem na teren trzeciego zaboru austriackiego, czyli do tzw. Nowej Galicji, zajmując Lublin, Sandomierz i Zamość. W tej sytuacji wojska austriackie musiały opuścić Warszawę. Przesądzające dla wyniku całej wojny było zwycięstwo Napoleona nad głównymi siłami austriackimi w bitwie pod Wagram 5-6 VII 1809 roku. Pokonani zmuszeni zostali do podpisania kolejnego pokoju 14 X 1809 roku. Oddawał on Księstwu Warszawskiemu ziemie zdobyte w trakcie tej wojny: trzeci zabór austriacki wraz z Krakowem oraz powiat zamojski i część krakowskiego.