Poza sądami powszechnymi istnieje sądownictwo szczególne – wojskowe i administracyjne. Zajmuje się ono sprawami wykraczającymi poza uprawnienia sądów powszechnych.
Sądy wojskowe tworzą: sądy okręgów wojskowych i sądy garnizonowe. Wszystkie podlegają Izbie Wojskowej Sądu Najwyższego. Zadaniem sądów wojskowych jest rozpatrywanie spraw dotyczących przestępstw związanych z obronnością państwa.
Sądownictwem szczególnym jest także sądownictwo administracyjne w postaci Naczelnego Sądu Administracyjnego. Naczelny Sąd Administracyjny składa się z prezesa (powoływany przez Prezydenta RP na 6-letnią kadencję) oraz wiceprezesów,prezesów izb, prezesów ośrodków zamiejscowych i sędziów. Są oni powoływani przez Prezydenta RP na wniosek Krajowej Rady Sądowniczej. Naczelny Sąd Administracyjny sprawuje kontrolę sądową nad administracją publiczną. Rozstrzyga spory powstałe pomiędzy obywatelami a administracją publiczną. NSA dzieli się na Izbę Finansową i Izbę Ogólnoadministracyjną, należą do niego również ośrodki zamiejscowe w największych miastach Polski. Działalność NSA jest kontrolowana przez Sąd Najwyższy.