Ustabilizowany ekosystem ma zdolność do wyrównania różnych zakłóceń, uwarunkowanych jego otwartym charakterem, zmianami czynników środowiskowych lub działalnością człowieka. Stan równowagi wewnętrznej ekosystemu nosi nazwę homeostazy. Cechuje ją równowaga w stosunkach między populacjami (ilościowych i jakościowych), przejawiająca się dużą różnorodnością biologiczną, niezakłócony przepływ energii i obieg materii, dzięki rozbudowanej sieci pokarmowej, oraz dostosowanie produkcji całkowitej do konkretnych warunków siedliskowych.
Stabilizacja procesów zachodzących w ekosystemie odbywa się stopniowo w trakcie postępującej sukcesji, której końcowym etapem jest stadium klimaksu. Charakteryzuje się ono największą trwałością i odpornością na zakłócenia, bowiem bogaty skład gatunkowy sprawia, iż nadmierny wzrost liczebności jednego gatunku jest redukowany przez jego naturalnych wrogów. Biocenoza ma zatem zdolność do samoregulacji.
Uszkodzenie struktury ekologicznej systemu (np. troficznej, konkurencyjnej), najczęściej na skutek zmian warunków środowiskowych, prowadzi do załamania homeostazy, a w konsekwencji do katastrofy ekologicznej układu.