Pośrednich dowodów ewolucji dostarczają wyniki badań porównawczych z zakresu anatomii, embriologii, fizjologii, biogeografii, biochemii, genetyki. Wskazują zarówno na jedność budowy i funkcji różnych organizmów świadczące o ich wspólnym pochodzeniu, jak i na ich zróżnicowanie, które stanowi wynik przystosowania się do różnorodnych warunków życia. Są uzupełnieniem dowodów bezpośrednich, jakich dostarcza paleontologia.