Grzyby są saprofitami lub pasożytami. Niektóre żyją w symbiozie z innymi organizmami. Obecność ściany komórkowej sprawia, iż enzymy trawienne wydzielają do swego otoczenia. Rozkładają one znajdujące się tam złożone związki organiczne. Powstałe w ten sposób związki o budowie prostszej wchłaniane są przez liczne strzępki.
Grzyby saprofityczne przerastają strzępkami podłoże, rozkładając związki organiczne pochodzące z martwych szczątków, natomiast pasożyty pobierają substancje pokarmowe od swych żywicieli. Wiele grzybów uzyskuje substancje odżywcze dzięki współżyciu z organizmami autotroficznymi. Przykładem jest symbioza grzybów z glonami lub sinicami w porostach oraz symbioza grzybów z korzeniami wielu roślin, określana mianem mikoryzy.
W porostach grzyby dostarczają komórkom glonów wody i związków mineralnych oraz zapewniają im schronienie. W zamian pobierają od nich związki organiczne, przy równoczesnym ograniczeniu wzrostu i rozmnażania płciowego glonów. Tak i rodzaj symbiozy określany jest mianem helotyzmu.
W przypadku mikoryzy strzępki grzybów czerpiąc składniki odżywcze, wnikają między komórki korzeni (mikoryza zewnętrzna) lub do wnętrza komórek (mikoryza wewnętrzna), dostarczając roślinie wodę wraz z solami mineralnymi poza strefę włośnikową. Współżycie grzybów z roślinami w ramach mikoryzy występuje u około 90% roślin i w znacznym stopniu ułatwia im pobieranie wody z substancjami mineralnymi poza strefą włośnikową.